A implementação dos projetos a serem executados com recursos do FUNDOVITIS são avaliados internamente pelos membros do Conselho Deliberativo e após aprovados, passam para o Conselho Deliberativo do Fundovitis, onde são submetidos à avaliação, aprovação e posterior execução. É o aporte financeiro é dado pela Lei nº 10.989, de 13 de agosto de 1997, através de taxa recolhida junto às vinícolas conforme o volume de uva industrializado e creditada no pagamento do Imposto sobre Circulação de Mercadorias e Serviços (ICMS). O Fundo é gerenciado pela Secretaria Estadual de Agricultura, Pecuária, Pesca e Agronegócio- SEAPPA.
O Instituto executa ainda projetos em parceria com o Governo Federal através do Ministério do Desenvolvimento Agrário – MDA e também com a Agência Brasileira de Promoção de Exportações e Investimentos – APEX Brasil com o Projeto Setorial Integrado Wines from Brazil.
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